Nicht erst jetzt, schon in der Endphase des Wahlkampfs kamen in der CSU erhebliche Zweifel hoch, ob Parteichef Seehofer mit seiner Doppelstrategie (Merkel loben und kritisieren zugleich) auf Dauer den richtigen Kurs fährt.

Dazu kam der Einwand, CSU-Spitzenkandidat Joachim Herrmann (bayerischer Innenminister) werde zu wenig beachtet, hingegen der neue Seiteneinsteiger, Ex-Verteidigungsminister Karl-Theodor zu Guttenberg zu stark in den Vordergrund gerückt.
Für Horst Seehofer war die Mäkelei aber leicht auszuhalten, denn immerhin versprachen die Umfragen zwar geringe Verluste, doch ein insgesamt gutes Ergebnis für die CSU (stets über 45%).
So berichtete z.B. der Münchner Merkur am 21. September: „Die Christsozialen kommen nach einer Befragung des Hamburger Umfrage­-Institutes GMS im Auftrag von „17:30 SAT.1 Bayern“ auf 47 Prozent (2013: 49,3 Prozent) im Freistaat„.

Nicht zum ersten Mal lagen Umfrageprognosen schwer daneben. Umso herber ist die Enttäuschung über das schlechte Abschneiden der CSU bei der Bundestagswahl.
Jetzt hat ein erster Ortsverband der Partei den Rücktritt Seehofers gefordert, weitere werden folgen.
Thomas Zehmeister, CSU-Vorsitzender im mittelfränkischen Großhabersdorf, forderte Seehofer im Namen seines Ortsvorstands auf, „mit sofortiger Wirkung sein Amt als CSU-Parteivorsitzender niederzulegen, um den Weg für einen personellen Neuanfang frei zu machen“.
Der Parteichef habe, so heißt es in der Erklärung weiter, das „historisch katastrophale Abschneiden“ der CSU persönlich zu verantworten. Der CSU-Kommunalpolitiker hielt Seehofer auch die „ständigen Wendungen in der Haltung zur Schwesterpartei“ vor. Angesichts des massiven Absackens bei der Bundestagswahl sei kein „Weiter so“ möglich.
Inzwischen plädieren sogar CSU-Abgeordnete für einen „personallen Neuanfang“ an der Parteispitze  –  siehe hier: http://www.focus.de/regional/bayern/wahlen-seehofer-personaldebatten-gehoeren-auf-parteitag_id_7641819.html