Das Heise-Nachrichtenportal (www.heise.de) veröffentlichte am 21.2.2012 einen Artikel von Peter Mühlbauer, der sich vor allem  mit der früheren Tätigkeit Joachim Gaucks als Leiter der sog. „Gauck-Behörde“ befaßt, also jener Institution, die mit der Verwaltung der Stasi-Unterlagen betraut war.
Dabei geht es um einige ungeklärte Vorgänge, die der weiteren Aufklärung harren, etwa warum der 1990 ernannte Behördenchef die Stasi-Unterlagen zum ehem. schleswig-holsteinischen Ministerpräsidenten Uwe Barschel (CDU) nicht an den Lübecker Chef-Ermittler Heinrich Wille herausrücken wollte.
Außerdem schreibt der Heise-Autor:
„Eine merkwürdige Amtsführung konstatiert auch der Gerichtsreporter Rolf Schälike, der (anders als Gauck) in der DDR aus politischen Gründen inhaftiert war. Ihm verbot die Stasi-Unterlagenbehörde unter Gauck die Einsichtnahme in die Unterlagen, welche die DDR-Staatssicherheit über ihn gesammelt hatte. Später waren sie dann „verschwunden“. Schälikes Gesamteinschätzung: „Gauck vertritt die Mächtigen. Das tat er in der DDR, das tut er jetzt. […] Er wurde und wird missbraucht.“  (…)
Der Berliner Tagesspiegel wirft ihm vor, in seiner Zeit als Leiter der Stasi-Unterlagenbehörde eine falsche Auskunft über die Beschäftigung von ehem. Stasi-Angehörigen gegeben zu haben.
Von konservativer Seite wird bemängelt, dass der evangelische Pastor Medienberichten zufolge seit langem in einem ehebrecherischen Verhältnis mit einer anderen Frau zusammenlebt.
Um daraus Rückschlüsse auf Gaucks Umgang mit Menschen zu ziehen, müsste man allerdings erst herausfinden, wer am Zerbrechen seiner Ehe konkret schuld war, was in heutigen Scheidungsverfahren nicht mehr ermittelt wird. Zudem hat Gauck bislang auch gar keine Anstalten gemacht, sich überhaupt scheiden zu lassen, was die Frage aufwirft, ob seine Gattin wohl mit ihm zusammen im Schloss Bellevue einziehen wird.“