Zur Ernennung des Regensburger Bischofs zum Chef der Glaubenskongregation schreiben die Reformbewegten, es werde sich „bald zeigen, ob mit Prof. Dr. Gerhard Ludwig Müller die Fenster des Zweiten Vatikanischen Konzils wieder weiter geöffnet werden, um als Kirche in der Welt zu wirken – oder ob nun auch noch die letzten Fensterläden geschlossen werden, um sich von der Welt abzuschotten.“
Einerseits wird Erzbischof Müller in der Stellungnahme bescheinigt: „Seine bisherigen Veröffentlichungen zeigen eine profunde Kenntnis der Dogmatik.“ 
Zugleich wird sein Dogmatik-Standardwerk als „traditionell“ bezeichnet: „Vor allem seine statische und traditionell ausgerichtete „Katholische Dogmatik“ aus dem Jahr 1995 mag für die Personalentscheidung des Papstes ausschlaggebend gewesen sein.“
Vor allem fragt sich die selbsternannte „Wir sind Kirche“-Gruppierung: 
„Ob er das erforderliche geistige und geistliche Format besitzt für ein Neudenken der Gottesfrage, um den großen theologischen Herausforderungen der Gegenwart und des modernen Atheismus kreativ und innovativ zu begegnen.“
Wie stellen sich diese Damen und Herren wohl ein „Neudenken der Gottesfrage“ vor? – Dieser reichlich aus dem Rahmen fallende Wunsch wird mit keiner Silbe erläutert.
Zudem wird kritisiert, daß der neue Präfekt der Glaubenskongregation in puncto Ökumene „für eine Polarisierung und nicht für eine Versöhnung“ eintrete.
Dabei ist er in Wirklichkeit ein Bonhoeffer-Experte und kennt sich gut aus in protestantischer Theologie, was noch lange nicht heißt, daß er sie als katholischer Würdenträger unkritisch absegnet. Ein oberflächlicher Ökumenismus auf dem untersten Nenner, der die bestehenden Unterschiede nicht ernst nimmt, führt zu keiner aufrichtigen Ökumene des Glaubens.

Hinsichtlich reformerischer „Priester-Initiativen“ sei zu „befürchten“, so heißt es in der Pressemeldung, daß Erzbischof Müller diese als „unchristlich“ bekämpfen und unterbinden werde.
Da derartige Gruppierungen nicht nur den Zölibat ablehnen, sondern meist sogar das Frauenpriestertum fordern und die Unauflöslichkeit der Ehe untergraben, bleibt dem Vatikan ohnehin keine andere Wahl, als derartigen Unfug strikt zurückzuweisen.

Sodann wird Erzbischof Müller unterstellt, er habe mit der der „Ausgrenzung von gewählten Laien aus diözesanen Gremien sowie der strengen Disziplinierung kritischer Priester sehr schnell ein Klima der Unterwürfigkeit und Angst in seinem Bistum erzeugt“  –  und im ähnlichen Lamento geht das Klagelied noch weiter.
Die fast schon hysterische Horrorstory, in Regensburg gäbe es ein „Klima der Unterwürfigkeit und Angst“, darf getrost ins Reich der Märchen verwiesen werden.
Der Bischof hat stets den Kontakt zu seinem Kirchenvolk gesucht, das freilich nicht nur aus „Berufs-Laien“, Gremien-Funktionären, Räte-Freaks und Möchtegern-Priestern besteht, sondern auch noch aus bodenständigen und glaubenstreuen Gläubigen, die sich ohne ständige Wichtigtuerei idealistisch in Kirche und Pfarrgemeinde einsetzen.
Felizitas Küble, Leiterin des Christoferuswerks in Münster